Na primeira fase, os times estão divididos em seis grupos, sendo cinco com sete equipes e um com seis. Os quatro primeiros de cada chave avançam. Na sequência, serão seis grupos de quatro. Garantem vaga à terceira fase: os dois primeiros de cada chave mais os quatro melhores terceiros. A etapa seguinte, então, terá quatro grupos de quatro.

Depois, mata-mata, sempre em ida e volta - o time de melhor campanha terá a vantagem de jogar por dois resultados iguais. As quartas de final terão o campeão e vice de cada chave da fase anterior. A finalíssima com os times garantidos no próximo Paulista A3 deve ser disputada em 3 de novembro.